Jean-François Chougnet est le directeur du MuCEM, Musée des civilisations de l'Europe et de la Méditerranéeà Marseille depuis 2014.

Il est historien, diplômé de l'Institut d'Etudes Politiques de Paris, et ancien élève de l'École Nationale d'Administration. Ancien Administrateur du Centre Pompidou, directeur général de l'Établissement public du Parc et de la Grande Halle de La Villette de 2001 à 2006, il est nommé directeur de la fondation Berardo à Lisbonne, de 2007 à 2011, musée dédié à l'art moderne et contemporain.

En 2005, il est le commissaire général de l'Année du Brésil en France. Jean-François Chougnet est membre du Comité artistique de la Société du Grand Paris chargé d'accompagner et d'orienter les projets artistiques mis en oeuvre.